Malá Fatra počtom svojich podzemných priestorov síce nepatrí medzi najväčších konkurentov krasových území Slovenska, avšak skrytá krása podzemia je priam úchvatná. Okrem aragonitu vieme nájsť v území takmer všetky prvky výzdoby. Najzaujímavejšie a najcennejšie časti podzemia sa nachádzajú v časti Kraľovianskeho meandre, kde rieka Váh počas svojho zarezávania sa do pohoria vytvoril ukážkové podzemné priestory.
Počas zimného obdobia Správa NP Malá Fatra zabezpečuje pravidelné kontroly zimovísk netopierov. Kontroly sú dôležité nielen z dôvodu zistenia stavu zimujúcich netopierov, ale často odhalia aj negatívne vplyvy človeka na podzemné priestory. Takto boli opakovane zistené negatívne vplyvy v oblasti Šípskej Fatry. V podzemných priestoroch nad obcou Žaškov a v štôlni pri obci Párnica došlo z dôvodu pálenia dreva k úplnému znehodnoteniu 3 vnútorných priestorov. Od zistenia týchto javov v prechádzajúcu zimu sa táto situácia opakovala aj s potvrdeným nulovým výsledkom pri zimujúcich netopieroch. Práve zimné obdobie je pre hibernujúce netopiere veľmi citlivé, akékoľvek prebudenie, vyrušenie môže pre zimujúceho jedinca znamenať stratu energie, ktorú potrebuje na prežitie do jarného obdobia. Aj z tohto dôvodu sú podzemné priestory s hibernujúcimi netopiermi uzavreté a vstup do nich je limitovaný.
RNDr. Tomáš Flajs, zoológ Správy NP Malá Fatra